Столкнулся с такой проблемой, может что делаю не так, но cpstest не может проверить ни стороннюю подпись (CMS), ни ту, что сделал сам только что.
А так оба этих CMS нормально проверяются сторонними средствами.

подписываю
csptest -sfsign -sign -detached -add -my sdfgsdf -in testdata.txt -out testdata.txt.p7s

проверяю
csptest -sfsign -verify -detached -in testdata.txt -signature testdata.txt.p7s

наблюдаю
An error occurred in running the program.
.\signtsf.c:607:No user cert specified. Cryptocontext will be opened automaticaly.
Error number 0x0 (0).
Операция успешно завершена.

An error occurred in running the program.
.\signtsf.c:737:Detached Signature was NOT verified

Error number 0x80090008 (2148073480).
Указан неправильный алгоритм.

Total: SYS: 0.000 sec USR: 0.031 sec UTC: 0.062 sec

если чуть изменить, то поподробней, но всеравно не очень:
C:\Program Files\Crypto Pro\CSP>csptest -lowsign -verify -detached -in testdata.txt -signature testdata.txt.p7s
An error occurred in running the program.
.\signlo.c:824:No user cert specified. Cryptocontext will be opened automaticaly.
Error number 0x0 (0).
Операция успешно завершена.

The message to decode is open.
An error occurred in running the program.
.\signlo.c:876:Decode MsgUpdate failed
Error number 0x80090008 (2148073480).
Указан неправильный алгоритм.

Total: SYS: 0.000 sec USR: 0.031 sec UTC: 0.093 sec
[ErrorCode: 0x80090008]

CSP 3.6 только что переустановлен для чистоты эксперимента
Если что:
C:\Program Files\Crypto Pro\CSP>csptest.exe -defprov -enum
Listing Available Providers:
Type Provider Name
____________________________________________
75 Crypto-Pro GOST R 34.10-2001 Cryptographic Service Provider

Provider types and provider names have been listed.
Total: SYS: 0.000 sec USR: 0.000 sec UTC: 0.015 sec
[ErrorCode: 0x00000000]


Как проверить подпись при помощи csptest.exe ?

Нет. По чистому переустановленный.

Для простоты передачи, теперь с приложенным сертом (подписан вышим тестовым УЦ на сайте) и данными внутри:

C:\Program Files\Crypto Pro\CSP>csptest -sfsign -sign -add -my sdfgsdf -in testdata.txt -out testdata.txt.p7s
#0:
Subject: C=RU, S=gsdfgsdfg, L=sdfgsdf, O=sdfgsdf, OU=gsdfg, CN=sdfgsdf, E=gsdfg
Valid : 01.10.2013 11:30:33 - 04.10.2014 07:09:41 (UTC)
Issuer : E=info@cryptopro.ru, C=RU, O=CRYPTO-PRO, CN=Test Center CRYPTO-PRO

A CSP has been acquired.
Source message length: 1178
Calculated signature (or signed message) length: 2642
Signature was done. Signature (or signed message) length: 2626
Output file (testdata.txt.p7s) has been saved
Total: SYS: 0.484 sec USR: 0.844 sec UTC: 11.796 sec
[ErrorCode: 0x00000000]

C:\Program Files\Crypto Pro\CSP>csptest -sfsign -verify -in testdata.txt.p7s
An error occurred in running the program.
.\signtsf.c:607:No user cert specified. Cryptocontext will be opened automaticaly.
Error number 0x0 (0).
Операция успешно завершена.

An error occurred in running the program.
.\signtsf.c:706:Signature was NOT verified

Error number 0x80090008 (2148073480).
Указан неправильный алгоритм.

Total: SYS: 0.000 sec USR: 0.031 sec UTC: 0.078 sec
[ErrorCode: 0x80090008]

Отредактировано пользователем 9 октября 2013 г. 10:08:38(UTC)  | Причина: Не указана

Проблема решилось заменой компьютера на другой компьютер.