По первому абзацу ответ: правильно понимаете.

По второму абзацу ответ: выпуск сертификата это работа. УЦ не работает бесплатно. Вы будете работать бесплатно?

По третьему абзацу ответ: Лицензию можете приобрести не годовую, а бессрочную. Дистрибутив СКЗИ приобретается один раз. Если конечно не перейдете на использование другой версии СКЗИ.

Ключевая информация- закрытый или открытый ключ
Ключевой документ= - закрытый ключ + открытый ключ.
Ключевой носитель - физический носитель определенной структуры, содержащий закрытый или открытый ключ
Ключевая информация уничтожается путем форматирования.
Ключевой носитель уничтожается путем нанесения им неустранимого физического повреждения, исключающего возможность их использования.

С ответом Юрия Маслова трудно спорить, но я тоже считаю так:
- ключевой документ - контейнер содержащий открытый и закрытый ключи (ключевую информацию);
- ключевой носитель - токен, флешка, дискета, содержащие ключевой документ.


п. 45. Приказа - не позднее 10 суток после окончания срока действия, если иное не предусмотрено эксплуатационной и технической документации к соответствующим СКЗИ


Я считаю, что если вы токен компании продали (а скорее всего так и есть), то они токен, как товар, оставляют у себя.

СКЗИ и их опытные образцы подлежат поэкземплярному учету с использованием индексов или условных наименований и регистрационных номеров. Перечень индексов (условных наименований) и регистрационных номеров поэкземплярного учета СКЗИ и их опытных образцов определяет ФСБ России. При этом регистрационный номер и серийный номер, который указан в лицензии это не одно и то же. Дистрибутивы СКЗИ подлежат учету по индексам (условным наименованиям) указанным в формулярах на СКЗИ и регистрационным номерам.
(Основание п.48. в ПКЗ 2005)
Программные СКЗИ должны учитываться совместно с аппаратными средствами, с которыми осуществляется их штатное функционирование. В журнале поэкземплярного учета СКЗИ (для обладателя конфиденциальной информации) следует регистрировать все установки (инсталляции) СКЗИ на соответствующее аппаратное средство с указанием Наименования СКЗИ, Серийного номера СКЗИ, Отметки о подключении (установке) СКЗИ.
(Основание п.26 Инструкции утвержденной приказом ФАПСИ № 152 от 13 июня 2001 г.)

Таким образом, у вас должен быть организован учет дистрибутивов СКЗИ с которых осуществляется установка СКЗИ на аппаратные средства и должны быть зарегистрированы все установки СКЗИ с учтенных дистрибутивов на аппаратные средства.

Сертификат это не ключевой документ и не ключевой носитель. Да, конечно, каждый сертификат имеет свой уникальный номер. Но это лишь номер сертификата(который правда содержит открытую часть ключа-ключ проверки ЭП). Но ключевой документ это ключ ЭП+ ключ проверки ЭП. Как определить номер такого ключевого документа полагаю могут сказать только разработчики СКЗИ.
Инструкция требует учитывать по номерам именно ключевые документы. В качестве компромиссного варианта учитываем ключевые носители (E-Token, Ру-Token, и т.п….) по их серийным (заводским) номерам, ведь выдаются же сертифицированные защищенные ключевые носители, которые не позволяют получить доступ к самому ключу.
Желательно получить ответ по этому вопросу от разработчиков- производителей СКЗИ.