Если Вы выпускаете сертификаты при помощи АРМ администратора, то на одном из последних шагов работы мастера создания сертификата есть галочка "сохранить цепочку сертификатов центра сертификации". В случае, если Вы её поставите, в одном файле будут сохранены выпускаемый сертификат и сертификат центра.

Если Вы хотите добиться не этого, поясните пожалуйста подробнее чего именно.

Сертификат ЦС должен быть доставлен пользователю по какому-либо каналу, признанному доверенным.
Пользователь должен установить сертификат ЦС до того, как он будет заходить на веб-интерфейс ЦР или до того, как будет устанавливать клиентский сертификат.