WindowsXP
Установлено:
Крипто Про CSP 3.6.6497 (КС2 3.6.5359).
Крипто Про eToken CSP 3.6.5869 (КС2 3.6.5359).
Крипто Про Рутокен CSP 3.6.5833 (КС2 3.6.5359).

Делаем небольшой эксперимент. В тестовом УЦ на сайте создаём сертификат для провайдера 'Crypto-Pro GOST R 34.10-2001 Cryptographic Service Provider', ключи размещаем на eToken.
Работаем с этим сертификатом:
CryptAcquireContext(…Crypto-Pro GOST R 34.10-2001 Cryptographic Service Provider…)
CryptCreateHash
CryptHashData
CryptSignHash
При этом неожиданно поднимается окно с вводом пароля от провайдера Крипто Про Рутокен CSP (см. вложение).

Не таится ли здесь какая-нибудь опасность? Вроде бы понятно, что всё это «одно и то же». Но, может быть стоит ради исключения неожиданных последствия не допускать на одном компе такой смеси?

А в каком порядке написал, в том и устанавливал.
Видимо, потому и всплывает окошко с заголовком Крипто Про Рутокен, что он последним установлен был.
Пока негативных результатов не выявлено.