Добрый день!

Используем библиотеку JCPxml для формирования XmlSign. Не понятен момент, почему необходимо копировать в jre\lib\ext все необходимые библиотеки вроде
xmlsec и все ее зависимости.

Проблема в том, что на одной java может работать множество продуктов, которые используют разные версии этих библиотек. Поэтому более гибким решением было бы использовать библиотеки из classpath.

Не понял вопроса. В том то и дело, что удалось добиться работы только когда все библиотеки лежат в lib\ext, что очень не удобно.

Да, столкнулись вообще с фатальной проблемой по части библиотеки commons-logging в jre\lib\ext. Если там находится эта библиотека, то она использует отдельный конфигурационный файл для всех приложений (мы используем эту библиотеку для журналирования), а у нас по идее для разных приложений разные конфигурационные файлы журналирования. Если удалить библиотеку, то при подписи падает ошибка:

java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/commons/logging/LogFactory
org.apache.xml.security.Init.<clinit>(Unknown Source)
org.apache.ws.security.WSSConfig.setXmlSecIgnoreLineBreak(WSSConfig.java:381)
org.apache.ws.security.WSSConfig.init(WSSConfig.java:400)
org.apache.ws.security.WSSConfig.getNewInstance(WSSConfig.java:436)
org.apache.ws.security.message.WSSecBase.getWsConfig(WSSecBase.java:118)
org.apache.ws.security.message.WSSecUsernameToken.prepare(WSSecUsernameToken.java:207)
org.apache.ws.security.message.WSSecUsernameToken.build(WSSecUsernameToken.java:269)
sx.smev.standalone.modules.server.wrappers.NodeSoapMessage.appendSecurityHeader(NodeSoapMessage.java:159)

Зато логи начинают писаться корректно. Хотя библиотека commons-logging присутствует в папке lib, веб-приложения.