Здравсвтуйте.
1. Утилиты, входящие в пакет capicom -- это не части криптопровайдера, поэтому в документации вместе с которой сертифицируется CSP, нет их подробного описания. Из документации -- по cryptcp есть pdf-ка, по certmgr есть man, по остальным только help.

2. Поддержка смарт-карт устроена следующим образом: вместе с CSP поставляется модуль поддержки считывателя смарт-карт(PC/SC). Для того, чтобы конкретная карточка заработала с этим модулем, нужно написать модуль поддержки для этой карточки(модуль поддержки носителя), который будет осуществлять взаимодействие между карточкой и модулем поддержки считывателя. Написанием модулей поддержки носителей занимаемся не мы, а сами производители смарт-карт. Насколько мне известно, сейчас компания Aladdin(производители eToken) занимается разработкой модулей поддержки носителей, которые будут работать с CSP под Linux(даже видела рабочие библиотечки).

3. CSP предоставляет интерфейс, аналогичный MS CryptoAPI, соответственно, интегрировать его можно с приложениями, работающими через такой же интерфейс(под Linux таковые есть, но это далеко не норма:-) ). Либо писать какие-то прослойки, которые будут предоставлять тот интерфейс, который нужен Вам, а сами за нужными функциями будут обращаться к CSP.