Вот скрипт:
UPDATE [dbo].[NameProperties]
SET [MaxLen] = '1024'
WHERE [OID]='2.5.4.10'
RETURN

Этот текст поместите в файл с именем, например, Organization_1024.sql.

Чтобы запустить - поищите на диске (на сервере ЦР) утилиту osql.exe (она обычно ставится вместе с SQL).
Если есть - можно запустить из cmd так:
osql -E -S имя_сервера\имя_экземпляра_SQL -d имя_базы_ЦР -i путь_к_файлу\Organization_1024.sql

Например:
SQL установлен на сервере ЦР во время установки самой программы КриптоПро Центр Регистрации, имя базы и имя экземпляра не меняли, тогда можно поместить файл Organization_1024.sql в корень диска с и запустить:

osql -E -S (local)\CPCC -d crypto_pro_ra_db -i c:\Organization_1024.sql


Но обращаю ваше внимание - возможно, что разработчики прикладных программ, где используются сертификаты вашего УЦ, предусмотрели ограничения на длину поля Organization - тогда возможны проблемы с прикладным ПО. Так что ещё раз подумайте перед применением изменений.
Если такого ограничения нет - то после применения скрипта размер поля Organization будет 1024.