Здравствуйте!

Разница объясняется в разделе 5.1 документа "ЖТЯИ.00067-01 90 01. КриптоПро УЦ. Общее описание" из состава эксплуатационной документации на ПАК "КриптоПро УЦ". Документация доступна для скачивания с сайта www.cryptopro.ru в разделе "Центр загрузки".

Если коротко: Программное обеспечение «КриптоПро УЦ» содержит ряд предустановленных политик (политика имён владельцев, ролевая модель, политика допустимых расширений сертификатов).
Эти предустановленные политики предоставляют изготавливать сертификаты только для защиты электронной почты и для клиентского сертификата в TLS-соединении.
В стандартной конфигурации предустановленные политики изменить нельзя. В расширенной можно менять любые политики.

Или как хорошо сказал один наш партнёр (цитирую): Главное отличие в том, что стандартная конфигурация - окончательный и завершенный продукт, измен ить настройки которого пользователю невозможно.
Расширенная конфигурация - это "конструктор", который пользователь может настраивать под свои нужды.