А как в этой схеме решается вопрос с бумажным бланком сертификата на рабочий ключ?

А что за вопрос? И о чём?
Если под "бумажным бланком сертификата на рабочий ключ" Вы понимаете заверенную копию сертификата ключа подписи на бумажном носителе, то вопроса нет. Если она Вам нужна (только зачем?) то пусть пользователь печатает, подписывает и отправляет в УЦ заказным письмом Почты России. Но в любом случае в УЦ останется электронный документ формата PKCS#7, где в качестве подписываемого документа находится запрос на сертификат на рабочий открытый ключ формата PKCS#10. И этот документ подписан на технологическом ключе. Соответственно, данный документ является подписанным заявлением на изготовление сертификата, оформленным в виде электронного документа. Факт передачи владельцу изготовленного по данному заявлению сертификата ключа подписи тоже подтвердить можно разными способами. Например, путём подтверждения факта установки, функционал который реализован в ПАК "КриптоПро УЦ". Как видите, не только путём оформления заверенной копии сертификата ключа подписи на бумажном носителе!!!

Копию сертификата ключа подписи на бумажном носителе оформляют или для доказательства факта передачи владельцу изготовленного сертификата ключа подписи (факт оказания услуги по изготовлению сертификата) или для того, что бы была ещё одна бумажка, что бы при необходимости тыкнуть пользователю со словами "вот твой сертификат и не отрекайся от ЭЦП!".
Некоторые организации факт передачи владельцу изготовленного сертификата ключа подписи оформляют в виде акта. Точнее в бухгалтерский акт выполненных работ вписывают, что сертификат с серийным номером таким-то передан. И тогда копию сертификата на бумаге вообще не оформляют.

Я уже писал об этом. Читайте мой пост от 12 марта 2012 г. 14:19:47 Цитирую: электронный документ формата PKCS#7, где в качестве подписываемого документа находится запрос на сертификат на рабочий открытый ключ формата PKCS#10. И этот документ подписан на технологическом ключе. Соответственно, данный документ является подписанным заявлением на изготовление сертификата, оформленным в виде электронного документа.
Это заявление в форме электронного документа лежит в БД ЦР и Вы через АРМ администратора ЦР всегда можете его выгрузить из БД в файл для предъявления в качестве доказательства.