Давайте сначала уточнимся, что Вы понимаете под системой УЦ, исходя из определения. что УЦ есть юридическое лицо или индивидуальный предприниматель.
Вариант 1: Госструктура - это одно юридическое лицо, имеющее территориально обособленные подразделения. Например, региональные управления. Тогда у Вас получается, что системы УЦ нет, а есть один УЦ, и в нём много программно-аппаратных комплексов автоматизации деятельности УЦ, связанные между собой по иерархической модели. В этом случае один регламент и этот регламент определяет порядок взаимодействия УЦ с пользователями. И никакого регламента корневого УЦ нет.
Вариант 2: Гоструктура - это совокупность самостоятельных юридических лиц (например, ЦА ФНС, УФНСы и ИФНСы - это самостоятельные юрлица). Тогда система УЦ есть и представляет собой связанные договорами (соглашениями) УЦ. В каждом УЦ по одному программно-аппаратному комплексу автоматизации деятельности УЦ. В этом случае регламентов много. У кажого УЦ свой регламент, который определяет порядок взаимодействия УЦ с пользователями. И плюс регламент корневого УЦ.