Проблема может быть в следующем: есть стандартный способ установки сертификатов и привязки их к ключам. Некоторые приложения кроме стандартного варианта привязки сертификата к ключу могут требовать ещё чего-то или хранить в своих недрах информацию о том, к какому носителю привязан какой сертификат. Общесистемную привязку ключа к сертификату можно проверить следующим образом:

Зайдите в C:\Documents and Settings\имя_пользователя\Application Data\Microsoft\SystemCertificates\My\Certificates

Найдите там файл, имя которого совпадает с полем "отпечаток" из вашего сертификата (это можно посмотреть на вкладке "состав" при просмотре сертификата по двойному щелчку).

Откройте его каким-нибудь просмотрщиком(блокнотом на худой конец). Там среди кракозябр должно быть имя контейнера.

Если там имя контейнера с токена, то проблему,вероятно, надо искать в недрах приложения "АРМ Специалист" -- неплохо было бы получить информацию о том, запоминает ли оно привязки сертификатов к контейнерам и поддерживает ли вообще работу с рутокенами(бывает ПО, которое работает только с дискетами).

отчитываюсь=)
в C:\Documents and Settings\имя_пользователя\Application Data\Microsoft\SystemCertificates\My\Certificates у еня есть только один файл. при открытии среди крякозябр нашлось упоминание о токене.
с токена есссно не работает=)
решил зайти тут же, но в ключи(C:\Documents and Settings\имя_пользователя\Application Data\Microsoft\SystemCertificates\My\Keys).
тут тоже есть только один файл. при его просмотре среди крякозябр увидел упоминание только о дискете.

как Вы и сказали, Татьяна, перенос файла в ключах ничего не дал=)

значит начинать беспокоить разработчиков АРМа?

Спасибо, будем надоедать теперь им=)