Если у Вас нет аппаратного датчика случайных чисел, вывод диалогового окна биологического ДСЧ отключить не удастся. (формирование секретных ключей чисто программным способом не удовлетворяет требованиям ФСБ к средствам криптографической защиты информации).

В справке по утилите certreq отсутствует информация о возможности задания пароля на создаваемый контейнер.
Можно либо создать контейнеры отдельно при помощи csptest из состава диситрибутива 3.0 (если у вас 2.0 -- напишите мне в личку свой e-mail -- пришлю утилиту)

csptest -keyset -newkeyset -cont "имя контейнера" -password "пароль"

А потом при помощи certreq создавать запросы с указанием, что нужно использовать существующий набор ключей.
Кроме того, есть приложение командной строки cryptcp, разработанное нашей компанией http://www.cryptopro.ru/...ucts/cryptcp/default.htm . В возможности которого входит работа с запросами на сертификаты (его использование не избавит от появления окна био дсч, но позволит одной командой создавать запрос и контейнер с автоматическим заданием пароля).