Здравствуйте!

Генерация закрытого ключа и изготовление сертификата с применением их и для подписи и для шифрования является допустимым. Никакого противоречия с действующими нормативными актами РФ нет.
Сложность может возникнуть в случае, если у Вас нет системы подтверждения (доказательства) момента подписи. В этом случае Вы будете вынужденными делать сертификаты "длинными" по сроку действия. Пять и более лет, что бы подтверждать подпись и после окончания срока действия закрытого ключа.
Поэтому у Вас может возникать коллизия, что сертификат ещё действует, а закрытый ключ уже закончил своё действие. И если я Вам зашифрую (считая, что Ваш сертификат действует), а Вы расшифрвоать не сможете, т.к. уже нет ключа.
Если Вы эту коллизию будете разрешать на уровне прикладной системы, не давая мне зашифровать Вам т.к. закрытый ключ уже выведен из обращения, то ничего страшного в генерации закрытого ключа и изготовлении сертификата с применением их и для подписи и для шифрования нет.
Наверное, на Украине и в Казахстане решили разрешать коллизию на уровне разделения ключей и сертификатов, а не на уровне прикладных систем.