Такой обязанности нет.
Вы должны следить только за тем, чтобы на каждом рабочем месте была своя лицензия и не допускать установки одной и тоже лицензии (назовем её однопользовательской) на несколько рабочих мест (если вы приобретали такие лицензии до того, как начали вшивать их в сертификаты, и они у вас используются до сих пор). Обычно это в актах установки отражалось, можно ещё реестр вести для себя.
Регулятор и сам уже в курсе про вшитые лицензии, и не будет спрашивать про учет вшитых лицензий.