Здравствуйте.

На флешке (или всё же (ру)токен) у Вас не "ЭЦП", а контейнер с закрытым ключом + обычно записан сертификат.
Чтобы подписывать документы. И получить "файл с ЭЦП".
По описанию, Вы как будто пошли проверять электронную подпись (.sig\p7s), но это другое совсем.
Это результат применения закрытого ключа и криптографии.


Вам необходимо открыть Контейнеры, если там есть контейнер на подключенном токене\флешке,
нажать Установить сертификат. Если кнопка заблокирована - значит сертификата в выбранном контейнере нет (обращаться в УЦ, но обычно записывают).

Далее в "Сертификаты" - там должен появиться ваш сертификат.
Далее Вы можете подписать какой либо документ - "Создание подписи"...
и вот далее - уже "Проверка подписи".