Здравствуйте.

если работаете в браузере: нажмите F12, сетевые запросы (Network) и понаблюдайте за обменом с сервером + сообщения на вкладке Консоль (Console).


возможные варианты:
а) в коде сайта\программы для документооборота есть периодический опрос\подписание

б) Отключить автоподписание в документообороте, если возможно.
Вы же на сайте смотрите документы?
Он (код на сайте) в фоне за вас формирует технологические сообщения (извещение о получении, например, если это ЭДО по ФНС приказам). А СКЗИ просто пытается найти требуемый контейнер для запрошенного действия - что-то подписать.


в) либо есть зашифрованные данные - тоже требуется доступ, чтобы посмотреть. Но раз "сбоев" не было явных для пользователя, значит не этот случай.