Короче, нашёл решение, "Тупо батарейка села" - что удивительно, на обеих плата были сдохшие cmos батарейки, при покупке новой и в предвкушении решения вопроса - вопрос был так и не решен, зато сейчас новая батарейка)) К сути, дело было в тупо банально устаревшем сертификате конкретно VipNet Client'a, просто при его установке прицепляется старый сертификат, с последующим обновлением на новый. Короче тупо после получения нового серта удаляю старый и всё работает..

Сейчас столкнулся с такой проблемой, помогло удалить все старые ЭЦП с рутокена и ошибка исчезла. Предполагаю, что есть баг в том, что когда выбираешь нужный ЭЦП он все равно берет условно первый.