Здравствуйте.
https://ru.wikipedia.org/wiki/Base64

Правильнее -> CMS (внутри содержится значение подписи) после кодирования в base64 представляет собой строку (по 76 символов) с переносами. Стандартное поведение

Replace делать, чтобы не было переносов.
Или кодировать в base64 ("одна строка") из der самостоятельно.

Добрый день.
Дополню немного - в CryptoApi есть и системные низкоуровневые функции кодирования Base64 и в них можно отключить добавление переводов строк указывая другие флаги. До уровня плагина правда такая возможность не прокинута. Мелкие неудобства при "тюнинге" высокоуровневого функционала - вводите гораздо меньше данных чем на нижнем уровне, но при этом иногда и то что хотелось ввести где-то внутри выставили по умолчанию. В данном случае замена переводов строк явно проще чем реализовать все самостоятельно.

Вот только за исключением взаимодействия с HTTP (например, когда подпись передается в заголовках запроса) и других текстовых протоколов, наличие переводов не очень и мешает. Мне удобнее сравнивать Base64 кодированные значения хэша без переводов строк чтобы не было неравенства из-за переводов в одной из строк, но в остальном никого критического изменения не происходит при подписании/проверке.