Есть тестовый сервер Криптопро
http://testgost2012.cryptopro.ru/certsrv/
http://testgost2012.cryp....ru/certsrv/certcarc.asp

Написано
Чтобы доверять сертификатам, выданным этим центром сертификации, установите эту цепочку сертификатов ЦС.

Пробую импортировать в jcp-2.0.40502, Java7, Linux в cacerts
JCP установлено в Java командой setup_console, ошибок не было при установке.

/opt/java64/1.7.0_72/jre/bin/keytool -importcert -file "./certnew.cer" -alias CryptoPro_CA -keystore "/opt/java64/1.7.0_72/jre/lib/security/cacerts" -storepass changeit

или так

/opt/java64/1.7.0_72/jre/bin/keytool -J-Dkeytool.compat=true -J-Duse.cert.stub=true -provider ru.CryptoPro.JCP.JCP -importcert -file "./certnew.cer" -alias CryptoPro_CA -keystore "/opt/java64/1.7.0_72/jre/lib/security/cacerts" -storepass changeit

В обоих случаях выдается ошибка
keytool error: java.lang.Exception: Input not an X.509 certificate

Пробовал оба варианта:
Загрузка сертификата ЦС
Загрузка цепочки сертификатов ЦС

Пробовал импортировать сертификат ЦС в Windows, экспортировать его в
DER Encoded Binary X.509 (.CER)

Во всех вариантах одна и та же ошибка на Linux

Скопировал cacerts из Java (Windows) в Java (Linux).

При попытке получить информацию о сертификате из cacerts он его находит, но выдает ошибку.

/opt/java64/1.7.0_72/jre/bin/keytool -list -v -keystore "/opt/java64/1.7.0_72/jre/lib/security/cacerts" -alias CryptoPro_CA

keytool error: java.security.cert.CertificateException: Certificate contains invalid public key: Unrecognized public key.
java.security.cert.CertificateException: Certificate contains invalid public key: Unrecognized public key.
at com.rsa.cryptoj.o.pk.g(Unknown Source)
at com.rsa.cryptoj.o.pk.<init>(Unknown Source)
at com.rsa.cryptoj.o.pj.<init>(Unknown Source)
at com.rsa.cryptoj.o.pg.a(Unknown Source)
at com.rsa.cryptoj.o.ot.engineGenerateCertificate(Unknown Source)
at java.security.cert.CertificateFactory.generateCertificate(CertificateFactory.java:339)
at sun.security.provider.JavaKeyStore.engineLoad(JavaKeyStore.java:747)
at sun.security.provider.JavaKeyStore$JKS.engineLoad(JavaKeyStore.java:55)
at java.security.KeyStore.load(KeyStore.java:1214)
at sun.security.tools.KeyTool.doCommands(KeyTool.java:789)
at sun.security.tools.KeyTool.run(KeyTool.java:340)
at sun.security.tools.KeyTool.main(KeyTool.java:333)

Спасибо, действительно, в \jre\lib\security\java.security есть регистрация нестандартного провайдера.
Может быть есть общие рекомендации, как разрешить этот конфликт, без отключения провайдера?
Судя по всему, провайдер нужен для другого компонента системы.