final byte[] signature = Files.readAllBytes(Paths.get("C:\\signed\\test.txt.p7s"));
final byte[] data = Files.readAllBytes(Paths.get("C:\\signed\\test.txt"));

/*
  Возможно в следующей строке передается неправильный алгоритм?
  Значение "GOST3410_2012_256" передать не получается, ошибка "GOST3410_2012_256 Signature not available"
*/
final Signature sig = Signature.getInstance("GOST3411_2012_256withGOST3410_2012_256");

sig.initVerify(publicKey);
sig.update(data);
return sig.verify(signature); //здесь всегда значение false

package cryptopro.jcp.example;


import ru.CryptoPro.CAdES.CAdESSignature;
import ru.CryptoPro.CAdES.exception.CAdESException;
import ru.CryptoPro.JCP.tools.Array;

import java.io.File;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.FileOutputStream;
import java.io.IOException;
import java.security.KeyStore;
import java.security.KeyStoreException;
import java.security.NoSuchAlgorithmException;
import java.security.UnrecoverableKeyException;
import java.security.cert.Certificate;
import java.security.cert.CertificateException;
import java.security.cert.X509Certificate;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Arrays;
import java.util.Collection;
import java.util.List;

/**
 * Пример проверки подписи CAdES.
 */
public class VerifyExample {

    private static final char[] STORE_PASS = new char[]{'p', 'a', 's', 's', 'w', 'o', 'r', 'd'};
    private static final String ALIAS = "tp-7f214c34-9bb4-42f1-3h5a-dsbh76e64h5u";

    public static void loadConfiguration(Collection<X509Certificate> chain)
            throws KeyStoreException, NoSuchAlgorithmException, CertificateException,
            IOException {

        KeyStore keyStore = KeyStore.getInstance("JKS");
        final File file = new File("D:/cert/test.jks");
        keyStore.load(new FileInputStream(file), STORE_PASS);

        // Получаем цепочку сертификатов.
        List<Certificate> lChain = Arrays.asList(keyStore.getCertificate(ALIAS));

        // Конвертируем цепочку в X509Certificate.
        Collection<X509Certificate> xChain =
                Arrays.asList((lChain).toArray(new X509Certificate[lChain.size()]));

        chain.addAll(xChain);

        // сохранение содержимого хранилища в файл с тем же паролем
        keyStore.store(new FileOutputStream(file), STORE_PASS);
    }

    /**
     * @param args
     */
    public static void main(String[] args) {

        try {

            Collection<X509Certificate> chain = new ArrayList<X509Certificate>();
            loadConfiguration(chain);

            // Читаем подпись из файла.
            byte[] cadesCms = Array.readFile("C:\\signed\\test.txt.p7s");

            CAdESSignature cadesSignature = new CAdESSignature(cadesCms, null, null);
            cadesSignature.verify(chain);

            Configuration.printSignatureInfo(cadesSignature);
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        } catch (KeyStoreException e) {
            e.printStackTrace();
        } catch (NoSuchAlgorithmException e) {
            e.printStackTrace();
        } catch (CertificateException e) {
            e.printStackTrace();
        } catch (UnrecoverableKeyException e) {
            e.printStackTrace();
        } catch (CAdESException e) {
            e.printStackTrace();  //To change body of catch statement use File | Settings | File Templates.
        }
    }
}

new CAdESSignature(cadesCms, null, null).verify(null)