Это как раз и есть ограничение от администратора, так как может быть конфиденциальная информация к которой у администратора не должно быть доступа (контейнеры закрытого пользователей, например). Просто для справки, что именно Вы делаете через скрытые ресурсы? Есть достаточно много других механизмов администрирования в новых версиях систем Windows (WinRS PowerShell и т.д.). Конечно я тоже часто хожу по скрытым ресурсам, но признаться честно это в 90% случаев не связано с администрированием, а с просьбами вроде "скинь мне эту таблицу на рабочий стол".

Если же нравятся именно шары, в операционках начиная с 2000 отлично работают hardlink/junction/символические ссылки и Вы можете создать общую папку (не скрытую) и ограничить к ней доступ - дать только конкретному администратору и прилинковать туда абсолютно все Вам нужные для администрирования папки компьютера, разбросанные по разным дискам. Когда не заботит безопасность можно даже корневые директории дисков прилинковать.

У меня, например, на файловом сервере открыты отдельные папки исключительно для каждого отдела (другим отделам отказано в доступе) в одной шаре и в папке почти каждого отдела есть подпапка для стат отчетов. Подпапки статотчетов junction прилинкованы к папке отдела отправляющего отчеты. И этот отправляющий отдел видит файлы отчетов в линкованных папках в своей папке, хотя зайти напрямую в папки других отделов не может.

Скажете почему не пользоваться автоматическими скрытыми шарами? На них невозможно изменить ограничения прав доступа и запретить конкретному администратору обращаться к папке/диску, доступ будет как у администратора сегмента, так и у глобального администратора сети (который может завести еще сотню администраторов), а еще у локальных аккаунтов-администраторов (которым в особо запущенных случаях администратор домена вообще может менять удаленно пароль и сохранять в небезопасном расширении схемы ActiveDirectory, откуда его сможет достать вирус, например). В то же время на нескрытые шары можно рулить правами как удобно и разом перекрыть все эти неявные лазейки для неизвестно откуда приползших администраторов.

К слову, данные параметры AutoShareWks и AutoShareServer (как и остальные Вами перечисленные) настраиваются групповой политикой и по идее если внесете в реестр конкретного компьютера они должны переписаться значением от домена корпоративной сети, когда администратор домена внезапно их задаст (если групповая политика работает в корпоративной сети). Поэтому лучше настраивать сразу новую политику в домене и применять политику к выбранным компьютерам. А вот если компьютеры не в домене или групповая политика сломана - тогда да, пишите в реестр.

Обратите внимание, что с сервера 2012 появилась возможность регулировать сложность паролей в домене для определенной глобальной группы безопасности пользователей. Например, можно задать для администраторов смену пароля еженедельно и сложный + длинный пароль, а для обычных пользователей - раз в полгода, покороче и без требований сложности. Иногда даже рекомендуют создавать для администраторов 2 аккаунта - один обычный для повседневного зависания в интернете и т.д., второй с правами администратора.