Добрый день. Терминальная ферма возможно будет не так удобна для криптографии, потому что если пользователей случайно кидает на разные сервера, контейнер каждого пользователя нужно ставить на каждом сервере. Иначе периодически пользователя будет забрасывать на сервер, на котором нет контейнера этого пользователя и запускаться процедура генерации нового контейнера под тем же "рабочим" именем контейнера, что совершенно не нужно - запутаетесь разбираться какой из контейнеров с одинаковым именем от УЦ с сертификатом, а какой самосгенерированный пользователем без сертификата.

Понятно, что подключать флешки к рабочему месту пользователя и прокидывать в терминал - идея тоже "так себе": в пассивном режиме носителя и с шифрованием RDP по умолчанию, да еще со стандартными пин-кодами контейнеров не выполняются никакие российские нормы по защите ключей.

Выделенный сервер с ключами - это наверно более похоже на КриптоПро DSS (или HSM), в том числе предоставляются платно уже развернутые, но можно поднять и свой. Еще у КриптоПро CSP 5.0 есть поддержка "облачных ключей" (у 4.0 нет поддержки "облачных ключей"). Более близко с тематикой я не сталкивался, подождите ответа сотрудников КриптоПро.