А! Я увидел там то же, на что я обратил внимание в доке мягких.. там написано что подпись у них хранится "как обычно", но только она там little endian.. может в этом фигня? Но как я поменяю endian для подписи? откуда мне знать каким порциями они туда писались.. если подпись из 4х-байтных чисел, то тогда понятно, но это ведь мне неизвестно, подпись для меня - чёрный ящик, так что она - набор отдельных байтов, а при таком раскладе endian не имеет значения.. Я чего-то не понимаю?

В CSP были сделаны 2 вида подписи, отличающиеся обратным порядком байт.
Так у них получилось из-за того, что Microsoft при упаковке в CMS переворачивает подпись.
И поэтому в JCP были тоже сделаны оба варианта, задаются при создании подписи
Signature.getInstance("GOST3411withGOST3410EL")
"GOST3411withGOST3410EL" – подпись как в CMS. Порядок байт соответствует CSP функции CryptSignMessage
"CryptoProSignature" – чистая подпись. Порядок байт соответствует CryptSignHash
Впрочем можете перевернуть байты сами. Переворот не по-int-овый, а целиком все переворачивается.