У вас в имени контейнера есть слово копия, то есть где-то есть оригинал, попробуйте снова скопировать с "оригинала", так надежнее всего.

Попробовать восстановить контейнер на флешке можно, но результат восстановления флешки не гарантирован. Для начала попробуйте проверить флэшку (правой кнопкой на значке флэшки в "компьютере" - Свойства - Сервис - Выполнить проверку). Возможно просто часть какого-то файла "потерялась" и будет восстановлена. Это же можно сделать в командной строке командой chkdsk (там больше параметров). Есть шанс что потеряная часть нашлась, но не связалась с файлом и лежит в скрытой папке found.000. Сама по себе сцепка легко выполняется командой copy, но надо знать порядок кусочков. Даже если решите снова скопировать контейнер с "оригинала", проверить флешку не помешает.

Если после проверки все по-прежнему, то есть еще на сайте КриптоПро https://www.cryptopro.ru/downloads утилита p12tocp которой можно попробовать "отремонтировать" контейнер, возможно потребуется также сертификат в отдельном файле (можно экспортировать из хранилища), знание пин-кода и какого типа был ключ (подписи или обмена, обычно это ключ обмена при генерации в ФЗС).

При нарушении целостности шансов отремонтировать контейнер не много, так что если нет резервной копии контейнера - наклевывается перспектива генерировать новый контейнер и получать сертификат заново. Потому желательно делать копию контейнера на отдельной флешке (как только запрос на сертификат одобрили) и хранить флешку с копиями в сейфе.