На одной машине в рамках одной ОС две разных версии CSP работать не будут.
Информация о том, что один банк поддерживает только 2.0, а другой только 3.0 получена от их поддержки?

Интерфейс для работы с внешними приложениями у 2.0 и 3.0 одинаков, не должно быть причин чтобы ПО работало с 2.0, но не работало с 3.0. Если разработчики банк-клиента считают, что такие причины есть, они могут обратиться к нам по адресу support@cryptopro.ru и обсудить как их можно обойти.

Я боюсь, что ничем не смогу помочь: есть технические ограничения, которые не позволят работать двум версиям CSP на одной машине(иначе они не были бы совместимы в плане поддержки программным обеспечением разных версий CSP). В то же время, делается всё, чтобы для прикладного ПО работа с CSP разных версий не отличалась. То есть, поставить две разные версии CSP на одну машину принципиально нельзя; а причин, по которым банк-клиент работает с одной версией CSP, но не работает с другой, быть не должно. Если у производителей есть возражения, они могут обратиться к нам и обсудить это, прислать примеры функций, которые у них работают в одной версии CSP, но не работают в другой -- мы постараемся помочь.

Кроме того, сертификат соответствия на CSP 2.0 закончится 5 июня грядущего года: http://www.cryptopro.ru/...ucts/csp/conformance.htm , следует подумать о поддержке новой версии CSP.