Вопрос некорректный.
Превратить "сертифицированный СКЗИ" в несертифицированный несложно - достаточно нарушить требования формуляра.
Использование СКЗИ в "стороннем" ПО возможно и, в некоторых случаях - без тематических исследований и оценки влияния.
Как именно используется СКЗИ в конкретном ПО - вопрос, который решается отдельно по каждому конкретному случаю.

"Встраивание" это использование (какого-то варианта) CryptoAPI в приложении.
Цели встраивания могут быть самые разнообразные и создание ЭП - одна из них.
Поэтому вопрос, опять-таки, не очень понятен.

В общих чертах - это вопрос доверия.
Если Вы знаете, что аналог использует только те функции, которые разрешены в формуляре криптопровайдера для использования без тематических исследований и уверены, что в программе наложения подписи нет "закладок", подписывающих нужный разработчику документ Вашим сертификатом во время подписи Ваших документов, что созданную подпись смогут проверить Ваши контрагенты, то можете использовать аналог.

Если же есть "здоровая степень" паранойи, то Ваш выбор - сертифицированное средство наложения подписи, проверенное на закладки и перечень используемых функций компетентными органами или веб-интерфейс подписания удостоверяющего центра, выпустившего сертификат.

Если стенень еще больше - проще написать (либо найти исходники, проверить на закладки) и скомпилировать свой аналог программы наложения подписи. Также этот вариант рекомендуется для систем с автоматическим подписанием без участия пользователя (так как все равно придется писать некую обертку вокруг API сертифицированного аналога).