Автор: Андрей Солдатов 
А вот так попробуйте:
csptest -keyset -impcert E:\123.cer -cont '\\.\FAT12_E\FAT12\DC5EB6A4_TRANSCEND\Dubinski.000\7B3B' -keytype exchange
-cont или -container судя по всему роли не играет. В зависимости от вида кавычек разные ошибки, и, видимо, корректными являются именно двойные:
C:\Program Files\Crypto Pro\CSP>csptest.exe -keyset -impcert E:\123.cer -cont '\\.\FAT12_E\FAT12\DC5EB6A4_TRANSCEND\Dubinski.000\7B3B' -keytype exchange
CSP (Type:80) v4.0.9019 KC1 Release Ver:4.0.9963 OS:Windows CPU:AMD64 FastCode:READY:AVX.
An error occurred in running the program.
ctkey.c:1004:AcquireContext("'\\.\FAT12_E\FAT12\DC5EB6A4_TRANSCEND\Dubinski.000\7B3B'")
Error number 0x8009001a (-2146893798).
Неправильный зарегистрированный набор ключей.
C:\Program Files\Crypto Pro\CSP>csptest.exe -keyset -impcert E:\123.cer -cont "\\.\FAT12_E\FAT12\DC5EB6A4_TRANSCEND\Dubinski.000\7B3B" -keytype exchange
CSP (Type:80) v4.0.9019 KC1 Release Ver:4.0.9963 OS:Windows CPU:AMD64 FastCode:READY:AVX.
AcquireContext: OK. HCRYPTPROV: 11111104
GetProvParam(PP_NAME): Crypto-Pro GOST R 34.10-2012 Cryptographic Service Provider
Container name: "Dubinskii Vladimir Vladimirovich 2019-04-16 17-41-08"
Exchange key is available. HCRYPTKEY: 0xacf030
Loading cert AT_KEYEXCHANGE key
An error occurred in running the program.
ctkey.c:2547:SetKeyParam(...pbData...)
Error number 0x8009001f (-2146893793).
Неправильный параметр набора ключей.
Total: SYS: 0,047 sec USR: 0,016 sec UTC: 0,109 sec
[ErrorCode: 0x8009001f]
В общем, альтернативный, но не очень красивый вариант с certmgr.exe это:
C:\Program Files\Crypto Pro\CSP>certmgr -inst -store uAddressBook -cert -file E:\123.cer -cont "\\.\FAT12_E\Dubinskii Vladimir Vladimirovich 2019-04-16 17-41-08" -inst_to_cont
C:\Program Files\Crypto Pro\CSP>certmgr -delete -store uAddressBook -all
Только вот так и не понятно, что же не так делается при использовании csptest.exe