Точно по серверу 2012 сказать не могу (и лучше обратиться на специализированный форум сисадминов), но по коду ошибки скорее всего обновление не работает из-за невозможности установить шифрование либо повреждения файла на диске.
из ответов Майкрософт:"Если отображается сообщение об ошибке Центра обновления Windows 800b0001, это означает, что Центр обновления Windows или Центр обновления Майкрософт не могут определить поставщика служб шифрования, либо файл, который требуется Центру обновления Windows (называемый хранилищем каталогов), поврежден."
А ещё что-нибудь есть, программы подозрительные? Отключите антивирус на время восстановления, если сторонний.
Запускаем весь цикл проверок снова (выполните последовательно все проверки):
зайдите в систему как администратор, откройте командную строку, введите команду
chkdsk C: /F проверка системного диска, согласитесь с перезагрузкой (Y), дождитесь конца выполнения
sfc /scannow проверка системных файлов на целостность
перезапуск службы обновлений: выполните в командной строке от имени администратора последовательно команды, нажимая после ввода каждой строки клавишу ВВОД
net stop wuauserv
net stop bits
net stop cryptsvc
ren %systemroot%\System32\Catroot2 Catroot2_old_123
ren %systemroot%\SoftwareDistribution SoftwareDistribution_old_123
net start cryptsvc
net start bits
net start wuauserv
exit
Перезагрузите компьютер.
Восстановление хранилища: выполните в командной строке от имени администратора последовательно команды, нажимая после ввода каждой строки клавишу ВВОД
DISM.exe /Online /Cleanup-image /Checkhealth
DISM.exe /Online /Cleanup-image /Scanhealth
DISM.exe /Online /Cleanup-image /Restorehealth
Выполните 3 команды, что у них в выводе результата? Сообщите, что получилось?
Перезагрузите компьютер, проверьте установку обновлений.
Еще
https://remontka.pro/800b0001-error/ пишут про возможность ошибки из-за старого WSUS если таким пользуетесь
С учетом ошибки установки Криптопро скорее всего причина в сторонних криптопровайдерах. Идеи такие: 1) удалить сторонние криптопровайдеры (випнет, код безопасности, лисси и т.д.) если такие есть; 2) chkdsk c: /f 3) проверить на вирусы; 4) если вирусов нет - временно удалить антивирус; 5) проверить настройку прокси в winhttp. По идее после этих операций обновление должно заработать. Если не заработало, можно попробовать поставить автономно последний пакет обновления клиента/агента windows update. Полагаю после этого и Криптопро 4.0.9963 установится.
