Если Вы хотите заменить "АРМ администратора ЦР" на свой АРМ, который работает по Интерфейсу Внешних Приложений (описан в документе "КриптоПро УЦ. Руководство программиста") и использовать в личных целях (в своей организации), то ничего не надо. А вот если Вы собрались его продавать или передавать для использования другим организациям, то Вам нужно иметь так называемую лицензию ФСБ России на встраивание шифровальных (криптографических) средств.
Ну а свой АРМ сертифицировать в ФСБ России или нет - это определяется Заказчиком Вашего АРМа (если Заказчик не Ваша организация). Согласно ПКЗ-2005. Если он потребует, что это должно быть сертифицировано, то Вы либо исполняете требование Заказчика либо не исполняете.
В случае если потребность в сертификации появилась, то сертифицируется на соответствие требованиям по информационной безопасности удостоверяющих центров. Есть соответствующий документ ФСБ России, утверждающий указанные требования.

Нет, не правильно поняли. Т.к. Вы не продаете свой АРМ, то лицензию ФСБ России на встраивание Вам НЕ НУЖНА.
Да, при аттестации у Вас могут много спросить. Самое лучшее - прикрыться сертификатом соответствия. Но! Для получения такого сертификата соответствия Вам нужно совершить огромную кучу денег, затратить около 2 млн рублей (даже поболее), и потратить на это года полтора или два. Готовы?
Может проще пройти аттестацию с "АРМ администратора ЦР", а потом...

А потом... просто использовать свой АРМ и не париться :-) Я про это говорил... Лимоны лучше не тратить, а получать. Поэтому по пути сертификации не рекомендую ходить. Очень тернистый путь.