http://www.cryptopro.ru/certsrv/certrqma.asp
Форма генерирует ключи на токене и выдает сертификат в виде base64 строки. Если сохранить ее в файл, то такой сертификат без проблем устанавливается в контейнеры криптопро через КриптоПро CSP. Мне надо положить сертификат в контейнер Aktiv Rutoken CSP 1.0, но панель Рутокена требует сертификат в формате x509 DER.

Если пытаюсь с помощью openssl конвертировать сертификат, то ругается:
openssl x509 -inform PEM -outform DER -in cert_input.cer -out cert_output.der

unable to load certificate
32984:error:0D0680A8:asn1 encoding routines:ASN1_CHECK_TLEN:wrong tag:/SourceCache/OpenSSL098/OpenSSL098-52.10.1/src/crypto/asn1/tasn_dec.c:1315:
32984:error:0D07803A:asn1 encoding routines:ASN1_ITEM_EX_D2I:nested asn1 error:/SourceCache/OpenSSL098/OpenSSL098-52.10.1/src/crypto/asn1/tasn_dec.c:379:Type=X509_CINF
32984:error:0D08303A:asn1 encoding routines:ASN1_TEMPLATE_NOEXP_D2I:nested asn1 error:/SourceCache/OpenSSL098/OpenSSL098-52.10.1/src/crypto/asn1/tasn_dec.c:747:Field=cert_info, Type=X509
32984:error:0906700D:PEM routines:PEM_ASN1_read_bio:ASN1 lib:/SourceCache/OpenSSL098/OpenSSL098-52.10.1/src/crypto/pem/pem_oth.c:83:

В браузере IE по адресу https://www.cryptopro.ru/certsrv/certrqma.asp ?
Там появляется ссылка на получение сертификата и установку в хранилище.

Решил проблему!
Это не один сертификат, а цепочка видимо.
Я сохранял в файл .cer, а надо было в файл p7b.
Тогда при открытии файла открывается certmgr, и уже оттуда можно что угодно с сертификатом делать.
Спасибо за помощь, надо было просто погуглить ошибку https://www.dropbox.com/...-05%2017.20.43.png?dl=0.