Проблема в следующем: В хранилище имеется сертификат с закрытым ключем (сертификат RSA, sha1). При экспорте этого сертификата с указанием экспортировать и приватный ключ, все шаги проходят успешно и создается файл pfx. После импорта этого файла в другое хранилище (на этом же компьютере или на другом) оказывается что приватного ключа нет. Сравнил файл pfx с ранее созданным, размер в 2-а раза меньше. После удаления крипто про экспорт закрытого ключа заработал.

Система windows server 2008 r2 x64
Крипто про 3.6 r2