Если Банк предоставляет своим клиентам (юридическим лицам) услуги ДБО, то никаких лицензий, кроме лицензии на банковские операции, выдаваемые Банком России, не требуется.

А вот если Банк в своей системе ДБО использует ещё и защиту информации с помощью средств криптографической защиты информации (шифрование, электронная подпись, аутентификация, имитозащита и т.д.), то требуется ещё и лицензия ФСБ России на выполняемые Банком в рамках оказания услуги ДБО работы, составляющие лицензируемую деятельность, в отношении шифровальных (криптографических) средств.

Какие Банк работы делает? Какие услуги с использованием СКЗИ оказывает своим клиентам? Сие нам не известно! Поэтому открывайте Приложение № 1 к постановлению Правительства Российской Федерации от 16 апреля 2012 г. № 313 и смотрите перечень. И получайте лицензии.
Как правило, это:
12. Монтаж, установка (инсталляция), наладка шифровальных (криптографических) средств.
13. Монтаж, установка (инсталляция), наладка защищенных с использованием шифровальных (криптографических) средств информационных систем (для ДБО сделанных по технологии "толстого клиента")
20. Работы по обслуживанию шифровальных (криптографических) средств, предусмотренные технической и эксплуатационной документацией на эти средства
21. Передача шифровальных (криптографических) средств.
22. Передача защищенных с использованием шифровальных (криптографических) средств информационных систем (для ДБО сделанных по технологии "толстого клиента")
25. Предоставление услуг по шифрованию информации, не содержащей сведений, составляющих государственную тайну, с использованием шифровальных (криптографических) средств в интересах юридических и физических лиц, а также индивидуальных предпринимателей.
28. Изготовление и распределение ключевых документов и (или) исходной ключевой информации для выработки ключевых документов с использованием аппаратных, программных и программно-аппаратных средств, систем и комплексов изготовления и распределения ключевых документов для шифровальных (криптографических) средств.

Правильно, в части 2 статьи 1 99-ФЗ "О лицензировании отдельных видов дейятельности" перечислены отношения (деятельности), которые не лицензируются в рамках данного ФЗ. К ним относится и деятельность кредитных организаций.
Деятельность кредитных организаций лицензируется в рамках 395-1 ФЗ "О банках и банковской деятельности" (статья 13).
А вот деятельность Банка по отношениям, связанным с шифровальными (криптографическими) средствами лицензируется по 99-ФЗ.

Или Вы прочли часть 2 статьи 1 99-ФЗ так, что Банк может теперь может заниматься чем угодно без получения лицензий? Типа лицензия ЦБ РФ - это индульгенция на всё? :-)))

Абсолютно с Вами согласен! Но согласен с Вашим мнением я, а не ФСБ и МВД. У этих организаций другое мнение. И практика показывает, что банки вполне привлекаемые к ответственности за работу без лицензий ФСБ :-( Можете по этой практике проконсультироваться у Ваших коллег из банковского сообщества. Мне известны 4 случая по банкам из г. Москвы.