Уже не в первый раз сталкиваемся с такой проблемой - ФИО владельца сертификата не помещается в поле SN (ограничение в 40 символов). Как решить эту проблему?

Ну так-то это требование ФНС, чтобы в поле SN содержалось ФИО. Поэтому вопрос остается открытым.

Кстати, упомянутый в п.п. 7.10 приказа атрибут 2.5.4.5 называется "serial number", а не "surname". И хотя он назван кратким именем "SN", другое его употребимое сокращение "SERIALNUMBER". А настоящий surname (который, действительно, часто сокращается как "SN") имеет другой OID - 2.5.4.4.

Таким образом (а я еще раз пролистал приказ), атрибут Surname (2.5.4.4) в приказе ФНС ММ-7-6/353 не употребляется, а поэтому его использование в контексте ФНС не регламентируется.

Подтверждение моих слов см. в RFC 5280:

id-at OBJECT IDENTIFIER ::= { joint-iso-ccitt(2) ds(5) 4 }
id-at-surname AttributeType ::= { id-at 4 }
ub-surname-length INTEGER ::= 40
id-at-serialNumber AttributeType ::= { id-at 5 }
X520SerialNumber ::= PrintableString (SIZE (1..ub-serial-number))
ub-serial-number INTEGER ::= 64

и в MSDN:
"http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa386991(VS.85).aspx"
(там атрибут 2.5.4.5 называется DeviceSerialNumber)