Автор: Евгений Афанасьев 
Добрый день.
Возможно, вам нужна не "голая" подпись (64 байта), а, например, CMS или CAdES? Тогда подписывать надо не данные, а атрибуты.
В samples-sources.jar есть примеры: в пакете CMS - низкоуровневые, в CAdES - высокоуровневые.
Посмотрите пример digital_marking.DigitalMarkingExample в samples-sources.jar.
С добрым утром. Извиняюсь за главное , не информативное сообщение к этой теме.
Для работы с методами апи честного знака необходимо выполнить 2-а шага:
1. Запрос аутентификации. Отправляешь Гет запрос на определенный адрес, а в ответ приходит две строки
{
"uuid": "19dfb29a-111-54zsss-afas5-12421asgasgas",
"data": "zbzxbxzbdassafas21asd"
}.
2. Получение ключа сессии.
2.1 Необходимо значение из "data" подписать электронной подписью зарегистрированного участника оборота товаров. Это случайные
данные в base64 (присоединённая электронная подпись) (выкопировка из Описание TrueApi v546.0). В инструкциях приведен сайт (https://www.cryptopro.ru/sites/default/files/products/cades/demopage/cades_bes_sample.html), на котором можно подписать
, а также можно использовать программу КрипроАРМ, которая подпишет эту "data".
2.2. Сделать пост запрос на определенный адрес, где в боди необходимо указать "uuid" и "data". В дата указываются данные полученные из пункта 2.1.
В ответ приходит токен, который используется для дальнейших любых запросов в честный знак (создать карточку товара, посмотреть коды маркировки и прочее.)
Так вот, чтобы в ручную не исполнять пункт 2.1. т.е. копировать из стороннего по подписанные данные "data" начал искать решение. Наткнулся на КрипроПроJCP. И , в дальнейшем, написал эту тему
на форуме.
Прошу подсказки, туда ли копаю или все-таки не туда.
Благодарю за ответ, сейчас будут вникать в samples-sources.jar