Ключи, созданные в CSP версии 3.0 нельзя использовать в 2.0.

Если Вы администратор УЦ и делаете ключи для пользователей, то, если есть возможность работать через веб-интерфейс, то пользователь может через веб сформировать и отправить запрос. В этом случае ключи будут созданы на его машине, всё будет работать.
Кроме того, можно в АРМе выделить пользователя и выбрать там "создать HTML-форму для автономной работы" -- при помощи этой формы пользователь сможет сформировать запрос и ключи на своём рабочем месте, после этого запрос отправляется(отдается) вам, вы его обрабатываете, передаете пользователю сертификат.

Если действительно много клиентов используют 2.0 и не собираются обновлять версию CSP до третьей, быть может, есть смысл поставить на машину, занимающуюся формированием ключей, CSP версии 2.0? Ключи, сделанные в 2.0, работают и в 2.0 и в 3.0 и в 3.6.

http://cryptopro.ru/cryp...ucts/csp/description.htm -> основные характеристики
(Это относится к 2.0 и 3.0)