Добрый день, подскажите как настроить двухфакторную аутентификацию с использованием рутокен s и рутокен Lite, обратился в техподдержку Ред ОС там отправили в техподдержку рутокен, а там сказали что Рутокен S и Рутокен Lite возможно настроить для аутентификации через утилиты Криптопро.

Кто ни будь знает через какую утилиту и как это настроить?

Возможно акцент в вопросе сделан именно на носители, а так, в базе знаний есть и такая статья, "Аутентификация в РЕД ОС 7.3 при помощи ГОСТ ключей на Рутокен ЭЦП".

Это совсем разные авторизации с двумя факторами.
"Предъявление идентификатора и уникального PIN-кода" означает то, что любые операции с токеном требуют наличия самого токена и знания пароля доступа к объектам на токене (PIN-код).
При этом функционал у токенов разный и не все токены реализуют все возможные операции.
Вам же требуется двухфакторная авторизация при входе в систему, которая может быть реализована по разному.
Например, токен может использоваться как защищённое хранилище пароля: вы вставляете токен, вводите PIN-код, а токен отправляет пароль или какой-то его "слепок". Насколько я понимаю, именно для этого и существует Рутокен Lite и, наверное, Рутокен S.
Если же вам требуется авторизация по ключам, то требуется, чтобы токен "умел в подписи" (криптография на асимметричных ключах). А это уже Рутоке ЭЦП.