Увы - по проектному решению только на eToken. Да и нелогично это - плодить целую связку носителей.
У вас (КриптоПро) нет в планах выпустить обновление, решающее эту проблему?

Мы по этому поводу нашли временное решение:
Все ключи как и положено хранятся на токенах, пароли в криптопро не сохраняем (это важно!). После запуска УЦ и ввода пароля на контейнер с ключами ЦС делаем логаут и логинимся под учеткой CPRAComPlusAcct& (ЦС и ЦР пока что на одном компе), лезем в свойства центра сертификации и нажимаем "проверить соединение". Вводим пароль на токен, после успешного соединения логаутимся и возвращаемся под основным пользователем. И, к сожалению, так каждый запуск. Но работает.