foreach( array(0, 1, 5, 0x5D, 0xFFFF) as $cades_type )  // соответствуют константам   CADES_DEFAULT, CADES_BES, CADES_T, CADES_X_LONG_TYPE_1, PKCS7_TYPE
    {
        try
        {
            echo "\nCADES_TYPE = $cades_type\n";
            $signature = $sd->SignCades($signer, $cades_type, true, 0);
            echo "Signature is:\n".$signature;
        }
        catch (Exception $e)
        {
            echo $e->getMessage()."\n";
        }
    }

<?php

    function FindCertbySHA1HASH($sha1_hash)
    {
        $store = new CPStore();
        $store->Open(CURRENT_USER_STORE, "my", STORE_OPEN_READ_ONLY);
        $certs = $store->get_Certificates();

        for($i = 1; $i <= $certs->Count(); $i++)
        {
            if(strtoupper($certs->Item($i)->get_Thumbprint()) == strtoupper($sha1_hash))
            {
                return $certs->Item($i);
            }
        }
        return null;
    }

    $code = "5937b53c-73f4-4411-9b78-a39851c3954e";
    $cert = FindCertbySHA1HASH('7ecf3608182fb033f2140f761e9be89e5472408d');

    $signer = new CPSigner();
    $signer->set_Certificate($cert);
//    $signer->set_Options(CERTIFICATE_INCLUDE_END_ENTITY_ONLY);   // проверил, мдлп понимает и если всю цепочку сертификатов включать - но с этой опцией размер меньше всего

    $sd = new CPSignedData();
    $sd->set_ContentEncoding(BASE64_TO_BINARY); 
    $sd->set_Content(base64_encode($code));

    try
    {
        $signature = $sd->SignCades($signer, CADES_BES, true, ENCODE_BASE64);
        echo "Signature is:\n".$signature;                         // полученную сигнатуру надо почистить от \r\n и можно использовать для получения token'а
    }
    catch (Exception $e)
    {
        echo $e->getMessage()."\n";
    }