Не тот корневой устновлен, при этом в "Пути сертификации" цепочка построится но на самом деле не будет доверия.

Думаю, Иван Вас правильно понял. Такое действительно происходит, если установлен не тот корневой сертификат.
Зачастую у одного удостоверяющего центра есть несколько корневых сертификатов.
Называются они одинаково и часто случается так, что в хранилище есть не все корневые сертификаты(хотя из-за одинакового имени внешне это выглядит так, как будто нужный корневой сертификат есть).


Если Вы считаете, что нужный корневой установлен, ответьте на следующие вопросы:

Из скольки сертификатов состоит цепочка? Начиная с которого они помечены красным крестом?

Если корневой сертификат помечен красным крестом, нажмите на него два раза, перейдите на вкладку "путь сертификации" в просмотре свойств корневого сертификата. Что там написано о его состоянии?
Если написано, что сертификат содержит недействительную цифровую подпись, у Вас не работает CSP. В этом случае расскажите какая именно версия CSP и какое исполнение CSP Вы используете. Были ли на этот компьютер ранее установлены другие версии CSP?