Запрашивается пин-код при установке сертификата или нет зависит от способа установки.
Если установка происходит при помощи кнопки "посмотреть сертификаты в контейнере", пин-код не запрашивается, поскольку сертификат является открытой информацией и хранится в незащищенной области памяти и считается, что, если сертификат открытого ключа записан в контейнер, то он соответствует ключам в контейнере.
Если установка производится при помощи кнопки "установить личный сертификат", пин-код запрашивается.

Если Вы считаете, что дело в неправильной работе CSP, возьмите дискету, отнесите её на тот компьютер, где CSP работает правильно и попробуйте поменять пароль на контейнер "сервис - изменить пароль" (можно, например, взять дистрибутив с нашего сайта и поставить на любой свободный компьютер -- в него встроена бесплатная лицензия на 90 дней).