Вы нечетко написали. Происходит передача ключей от клиента к серверу или нет?
Если судить по "имеет только драйверы ключевого носителя и подключается прокидывая свой USB порт к терминальному серверу с СКЗИ, там происходит подписание документа ЭЦП." т нет, ключи не передаются, закрытый ключ находится на сервере и ЭЦП формируется на сервере.
Если судить по "с ИБ выглядит прокидывание ключевого носителя" то получается что закрытый ключ передается на сервер (сам ключевой носитель как физическая сущность ну никак не может быть передан на сервер).

Ключи (закрытые) по незащищенным каналам связи передавать нельзя. Запрещается нормативными документами ФСБ России и требования по эксплуатации сертифицированных СКЗИ. Поэтому этот вариант сразу отметается и не рассматривается.

Если ключи пользователей лежат на сервере, то это не есть хорошо с юридической точки зрения. Ключ пользователя является личным и его владелец отвечает за его сохраннность и недоступность другим пользователям. А если ключ на сервере, то его владелец всегда может отказаться от своей ЭЦП аргументируя это тем, что он находится не у него и кто к нему имеет доступ - это не известно и значит ЭЦП не его т.к. ЭЦП сформировал посторонее лицо. В соответствии с презумцией невиновности, нужно будет доказывать, что посторонее лицо не могло получить доступ к ключу пользователя. А это сделать будет о-очень сложно.

1. Это не соответствует условиям эксплуатации сертифицированного СКЗИ, следовательно будут все последствия использования несертифицированного СКЗИ
2. Будут все последствия не исполнения требований пункта 25 приказа ФАПСИ от 13 июня 2001 года N 152. Это в первую очередь касается лицензиатов ФСБ.
2. Как уже писал ранее, все последствия того, что нельзя будет доказать отсутствие в искажении или подмене ключей подписи при их передачи по каналам связи.

В отличии от римского права, одним из постулатов которого является принцип "что не запрещено - то разрешено", к сертифицированным ФСБ средствам криптографической защиты информации применяется принцип "что не разрешено - то запрещено". Аргумент: для продукта проведены исследования в конкретной среде функционирования криптосредства (СФК) и для этой СФК установлена соответствие требованиям. Изменение СФК влечет необходимость проведения дополнительных исследований.
В эксплуатационной документации на СКЗИ "КриптоПро CSP" не изложено использование СКЗИ через термнальный сервер. Значит, данный режим работы не разрешен.