Инструкция 2012 года и уже не подойдет дословно ни по версиям перечисленного ПО, ни по версии СМЭВ (в инструкции приведен пример расположения пописываемого фрагмента, самой ЭЦП и сертификата для форматов СМЭВ 2, под формат СМЭВ 3 их придется переделывать). Если Вам в итоге нужна интеграция со СМЭВ 3, то наверно самый быстрый способ - скачать с технологического портала смэв 3 пример адаптера (на основе Джава) и "поковырять" его. У меня решение не на Джава, так что я в сам адаптер не лез, но подписание наверно там должно быть. По отзывам: сам по себе пример адаптера вызывает ряд вопросов и требует доработки для реальной эксплуатации, но как учебная площадка пригодится.

Ну, по такой статье не должно остаться вопросов и про двойку - основные отличия от тройки там тоже указаны. В двойке для подписи ЭП-ОВ нужно: 1) выкинуть трансформ urn://smev-gov-ru/xmldsig/transform и соответственно класс SmevTransformSpi не нужен; 2) в soap:Header добавить wsse:Security и в него wsse:BinarySecurityToken (с сертификатом) и ds:Signature (сама подпись с wsse:SecurityTokenReference и wsse:Reference указывающим на Id wsse:BinarySecurityToken); 3) подписывать soap:Body и все его содержимое - в ds:Reference указывается ссылка на id soap:Body. У двойки (натехпортале двойки) также есть сервис проверки правильности подписи. В случае необходимости могу проверить своей программкой (пока не все поддерживает, но гост-2001 без параметра InclusiveNamespaces в двойке проверить смогу) для более точной диагностики на каком этапе проверки ошибка.
Если нужна подпись ЭП-СП в двойке, то там конечно посложнее - конкретный сервис может выдвигать дополнительные условия, обычно усиление до xades-bes или xades-T.

Еще хотелось бы обратить внимание, что подпись xml очень чувствительна к отсутствию и дублям того id, который подписываете. Очень много ошибок именно из-за неверно исходного документа в котором нужный id остутствует, повторяется или расположен не там. Поэтому желательно практиковаться на правильном примере документа.