Собственно проблема в следующем, Криптопро используется для работы с банком и с 1С(1С отчетность/1С ЭДО).
При входе в банк, теряется сертификат от 1С(Ключ от банка на флешке, ключ от 1С в реестре), сам контейнер при этом есть, все ключи вроде как на месте, но при обращении ключи не видит, приходиться заходить в контейнер и ставить нажимать установить сертификат, после все работает.
зы. Возможно у кого-то есть идеи куда "копать", криптопро переустанавливали(на последний 3.6).

На сколько я понимаю именно так

Да у нас 2 контейнера(один в реестре (1С), второй вставляем флешку (банк)) и вот после того как заходим в банк онлайн, проходит проверку сертификата в 1С перестает "работать" сертификат, до тех пор пока не установим его из контейнера в личные.
Физически сертификат в оснастке (ММС) я вижу, но в 1С он не цепляется(не удается сделать проверочное шифрование), проблема решается переустановкой сертификата в Криптопро. Не особо в курсе какая взаимосвязь между контейнером ключей и сертификатом в реестре и какие операции специфические операции делает переустановка сертификата что он начинает работать, проблема существует уже довольно долгое время и на что "грешить" на банк-клиент(через браузер)/винду или криптопро не совсем понятно.