Здравствуйте. Можно использовать JCP или JCSP. JCP - java-провайдер, JCSP - условно обертка над CryptoAPI вызовами к Крипто-Про CSP. Более подробно на сайте в разделе "Продукты" и в документации внутри дистрибутивов.

JavaCSP удобна для клиентских рабочих мест, на которых уже установлен КриптоПро CSP - не требуется приобретать дополнительную лицензию на JCP.
Я, конечно, могу ошибаться, но для серверов получается конский ценник на сумму серверных лицензий КриптоПро CSP, JCP и (плюсом) относительно недорогой JTLS.
Стоимость серверных лицензий на JCP, конечно, не радует, но дополнительно увеличивать её на стоимость серверной лицензии CSP - странно.

Отредактировано пользователем 2 июня 2017 г. 10:50:39(UTC)  | Причина: JCP и JavaCSP поставляются в едином дистрибутиве

JCP и JCSP реализуют интерфейсы JCA/JCE, поэтому - да. Но есть различия в типах хранилищ, именах провайдеров. В дистрибутиве JCP и JCSP есть документация в папке Doc, можете с ней ознакомиться.