Попробовать установить сертификат с автопоиском контейнера (не подключать рутокен) - находит этот контейнер в реестре?

Если Да - тогда вариант а)


а) удалить его. у Вас же не должно быть "копий в реестре", кроме как на защищенном носителе?
б) нажать на кнопку "удалить информацию об использованных носителях", найти можно здесь: Сервис\Удалить запомненные пароли\

После этого повторить тестирование