Хранилище ключей - это набор папок с ключами (в Local Settings на Windows и /var... на unix). Файл keystore практически пустой и используется только в целях совместимости с java-интерфейсами, его можно не переносить, а создать заново в другом месте.
Хранилище сертификатов - аналогичный файл keystore, но заполненный сертификатами. Предположительно он является платформонезависимым, хотя сейчас нет кода под рукой, чтобы это проверить. Даже если это не так, то в пределах одной архитектуры он переносим. От jdk/jre/native-кода зависимости ни у кого, конечно, нет.