Доброго дня!

"Будет ли средство сделанное при помощи JCP 1.0 иметь юридически значимый обмен?" - если соблюсти условия применения НЕквалифицированной ЭП - будет. Если речь только о квалифицированной ЭП, то технически всё будет работать, в частности подпись можно будет проверить сертифицированным средством (КриптоПро CSP) , что 63-ФЗ как раз и требует. Но если возникнет конфликт по электронному документу подписанному JCP и дело дойдет до суда, и суд будет знать, что подписан документ был именно jcp (который без сертификата), то вот тут могут возникнуть сложности  - и подпись в этом документе может признана неквалифицированной (т.е. для информационной системы, где должна использоваться квалифицированная подпись - не действительной)