Уточните пожалуйста, что именно вы понимаете под "настройкой шифрации с помощью сертификатов КриптоПро"

Сертификаты, выдаваемые нашим удостоверяющим центром имеют стандартный формат (X.509 v3), их можно использовать в любых системах поддерживающих этот формат.

Если Вы хотите организовать зашифрованный канал с использованием средства криптографической защиты информации КриптоПро CSP, то возникает следующий вопрос: собираетесь ли Вы заниматься разработкой на базе этого продукта и интересуетесь возможностями разработки или интересуетесь готовыми продуктами, которые могли бы предложить такую функциональность.

О существовании подобных готовых продуктов мне не известно.
Для разработки приложений, использующих TLS, КриптоПро CSP предоставляет интерфейс SSPI.