// Открываем store "My"
X509Store store = new X509Store("My", StoreLocation.CurrentUser);
store.Open(OpenFlags.OpenExistingOnly | OpenFlags.ReadOnly);
X509Certificate2 ret = null;
int count = 0;
foreach (X509Certificate2 cer in store.Certificates)
{
    if (cer.Equals(certToFind))
   {
        count++;
        ret = cer;
    }
}

// Проверяем, что нашли ровно один сертификат.
if (count == 0)
{
   Console.WriteLine("Сертификат не найден.");
   return;
}

// Если сертификат найден, то он только один

// Получаем секретный ключ соответствующий данному сертификату.
AsymmetricAlgorithm asym = ret.PrivateKey;
if (asym == null)
{
    Console.WriteLine("Нет секретного ключа соответствующего искомому сертификату.");
    return;
}