Ни в FAQ, ни на форуме не нашел ответа на такой вопрос:
Каким образом (в реестре или как-нибудь штатно) отключить автоматическую установку сертификатов, которые хранятся на ключах eToken Pro 32 ?
Операция эта занимает очень много времени (порядка 30-40 секунд), а необходимости в ней нет никакой, только мешает. Пока сертификат не установится - не получается отформатировать е-токен для дальнейшей генерации ключей на него (а в нашей организации поток подобной работы очень большой). К тому же потом через "Свойства обозревателя" приходится вручную удалять лишние сертификаты, которые уже успели установится (трудность еще в том, что приходится отделять сертификаты, которые нужны, от сертификатов, которые не нужны).
В версии 3.0 этой проблемы не было. Только в версии 3.6 появилась эта беда.

Автоматическую установку сертификата можно так же отключить для конкретного носителя. Для этого в КриптоПро CSP - Оборудование-Настроить типы носителей - выбрать конкретный носитель-Свойства-Настройки-снять галочку "Использовать для входа в операционную систему".